Miyazaki sinh ra tại thị trấn Akebono-cho thuộc Tokyo, người con thứ 2 trong bốn con trai của gia đình. Bố của ông, Katsuji Miyazaki, là giám đốc của xưởng máy bay Miyazaki Airplane chuyên làm bánh lái cho máy bay chiến đấu A6M Zero trong thời kì thế chiến thứ II[1]. Vì thế ga đình ông rất khá giả trong quãng thời tuổi ấu thơ của ông[2].Vì vậy từ nhỏ, Miyazaki đã hình thành niềm đam mê suốt đời với ngành hàng không, chủ đề xuất hiện thường xuyên trong các tác phẩm sau này của ông.

Khi còn nhỏ, Miyazaki thường phải chuyển nhà, một phần vì mẹ ông phải chữa bệnh lao xương từ năm 1947 đến tận năm 1955. Mẹ của Miyazaki rất nghiêm khắc và thông minh. Bà đã qua đời năm 1983 ở tuổi 71. Sau này bộ phim Hàng xóm của tôi là Totoro có một nhân vật bà mẹ mắc phải một căn bệnh tương tự.

Sau khi học xong trung học, Miyazaki vào trường đại học Gakushuin University, ông tốt nghiệp năm 1963 với bằng khoa học chính trị và kinh tế học. Tháng 4 năm 1963, Miyazaki vào làm việc tại hãng phim hoạt hình Toei. Tháng 10 năm 1965, ông cưới một họa sĩ đồng nghiệp là bà Akemi Ota, hai người sau đó có hai con trai là Gorō và Keisuke. Hiện nay, Goro cũng đã trở thành một đạo diễn phim hoạt hình với bộ phim Huyền thoại đất liền và đại dương của hãng Ghibli. Miyazaki đặc biệt yêu thích và thần tượng các nghệ sĩ manga trong đó có Tetsuji Fukushima, Soji Yamakawa và Osamu Tezuka.